以菌落原位雜交為例：對分散在若干個瓊脂平板上的少數菌落（100-200）進行篩選時，可采用該方法。將這些菌落歸并到一個瓊脂主平板以及已置于第二個瓊脂平板表面的一張纖維素濾膜上。經培養一段時間后，對菌落進行原位裂解。主平板應貯存于4℃直至得到篩選結果。
將少數菌落轉移到纖維素濾膜上
（1） 在含有選擇性的瓊脂平板上放一張纖維素濾膜。
（2） 用無菌牙簽將各個菌落先轉移至濾膜上，再轉移至含有選擇性但未放濾膜的瓊脂主平板上。應按一定的格子進行劃線接種（或打點）。每菌落應分別劃線于兩個平板的相同位置上。后，在濾膜和主平板上同時劃一個含有非重組質粒的菌落。
（3） 倒置平板，于37℃培養至劃線的細菌菌落生長到0.5-1.0mm的寬度。
（4） 用已裝防水黑色繪圖墨水的針頭穿透濾膜直至瓊脂，在3個以上的不對稱位置作標記。在主平板大致相同的位置上也作上標記。
（5） 用Parafilm膜封好主平板，倒置貯放于4℃，直至獲得雜交反應的結果。
（6） 裂解細菌，按本段下面所述方法，使釋放的DNA結合于纖維素濾膜。
原位雜交第三天
1） 用1ml含10％熱滅清的MABT溶液置換溶液，放置搖床上25分鐘，然后用1mlMABT置換，25分鐘，再用1mlMABT溶液置換，一小時以上，后用1mlMABT溶液置換，25分鐘。
2） 用1ml 1mM左旋米睉的Staining buffer洗三次，每次放置五分鐘。
3）將胚胎轉入十六孔板中，吸去staining buffer，加上300ul BM Purple AP Substrate(底物，用之前加5mM左旋米唑)，十六孔板外面包上錫箔紙以避光，避免搖動，室溫下顯色。
4）每隔一小時觀察胚胎是否開始顯色
5）將顯色完全的胚胎中的底物吸出，用PBST洗兩三次后加上4％多聚甲醛固定，拍照。
6）4C冰箱保存。
熒光原位雜交（Fluorescence In Situ Hybridization，FISH）是在性原位雜交技術基礎上發展起來的一種非性分子生物學和細胞遺傳學結合的新技術，是以熒光標記取代同位素標記而形成的一種新的原位雜交方法。
FISH技術具有許多優點，如非性、高特異性、高靈敏度、快速簡便、可多重染色等。這些特點使得FISH技術在細胞生物學和臨床醫學領域得到了廣泛應用，例如用于研究基因表達、基因組變異和染色體異常等。
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